Fundado el 5 de enero de 1905 en la ciudad de Montevideo tras la fusión de los equipos de Central y Solís, ambos próximos al Cementerio Central en el barrio Palermo. Lima y la Provincia del Callao, los torneos dejaron atrás la etapa amateur iniciándose el fútbol profesional organizado por la Asociación Central de Fútbol (ACF). Finalmente, en 1962, la Asociación Central de Fútbol dio paso a la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional (ADFP) en la organización de los torneos de fútbol en el Perú, la cual desde 1966 introdujo los campeonatos descentralizados, que incorporaron a clubes de todo el país, rompiéndose así el centralismo que había predominado desde la fundación en 1912. La FPF, si bien dejó de organizar estas competiciones, siguió teniendo injerencia por medio de su Comisión de Justicia, que hasta la fecha constituye la última instancia en la resolución de conflictos relacionados con los torneos de fútbol profesional peruano. El 28 de enero de 2020 se dio a conocer que el próximo presidente ejecutivo de la junta de la Fundación FIFA será el expresidente argentino, Mauricio Macri. Su organización está a cargo de la Federación de Fútbol de los Estados Unidos (en inglés, United States Soccer Federation), perteneciente a la Concacaf y a la FIFA.
Actualmente afiliada a la Concacaf. Ambas divisiones se denominan la Primera Categoría del Fútbol Ecuatoriano, siendo todos los participantes, clubes profesionales. Guayas, en 1951, comenzó a organizar campeonatos profesionales de manera provincial. La Asamblea de Bases es el órgano supremo de la FPF y está constituida por los clubes profesionales de fútbol y por las veinticinco ligas departamentales. En 1957, se comenzó a disputar campeonatos nacionales de clubes en el Ecuador, Guayas y Pichincha concluyeron sus campeonatos individuales. En la década de 1950, camisetas de croacia tanto la provincia del Guayas como la de Pichincha dejaron el amateurismo. Dicho encuentro que finalizó con victoria israelí por 3-1 no es considerado oficial por la Asociación de Fútbol de Chipre (Κυπριακή Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου) ya que fue disputado antes de la independencia del país chipriota. Fue la última participación por Asia del conjunto israelí antes de su expulsión. Al principio, los jugadores simplemente clavaban tiras de cuero a los zapatos para aumentar el agarre, llevando a que la FA estableciera que ningún clavo debía asomarse por fuera del calzado.
La creación de la FPF calmó los problemas existentes en el balompié peruano y tomó la posta a la Liga Peruana de FootBall (LPFB) en la conducción de los torneos de clubes, que a partir de 1926 se reiniciaron con la adición de los equipos de la Liga del Callao. Según diversas fuentes, se menciona a Guillermo Arellano como el autor del descuento en el partido ante Argentina. Tiene como atribuciones: ejecutar las decisiones de la Asamblea y del Comité Ejecutivo, velar por el funcionamiento de los órganos internos, supervisar las relaciones con los miembros, la FIFA y la Conmebol, presidir la Asamblea y el Comité Ejecutivo, camisetas francia eurocopa y hacer acuerdos. La primera, la empresa alemana Adidas, suministró la equipación del equipo en 1978 y 1983-1985. La FPF ha firmado contratos con fabricantes de Brasil (Penalty, 1981-1982), Suiza (Power, 1989-1991), Italia (Diadora, 1991-1992), Inglaterra (Umbro, 1996-1997, 2010-2018) y otros de Alemania (Puma, 1987-1989). El equipo también ha sido suministrado por tres firmas locales: Calvo Sporwear (1986-1987), Polmer (1993-1995) y Walon Sport (1998-2010). Entre 2018 y 2022, la marca deportiva ecuatoriana Marathon y desde 2023, Adidas se hace cargo de los uniformes luego de 37 años.