Debido a la expansión de la liga, tanto en clubes, como en número de jugadores; y la creciente contratación de futbolistas extranjeros, las Secretarías de Gobernación y Hacienda empezaron a presionar a la liga y a los clubes para presentar contratos y otorgar permisos de trabajo además de cumplir con las obligaciones fiscales por una sencilla razón, los jugadores ya eran profesionales y cobraban buenas cantidades de dinero, pero estaban dados de alta en diversas empresas como empleados, es decir, se quería reconocer la existencia del jugador profesional para darlo de alta en la entonces Secretaría del Trabajo y otorgarle todos sus derechos laborales, camiseta cr7 portugal además de establecer sus obligaciones de contribuyentes. A lo largo del campeonato, Danubio peleó el título principalmente con Peñarol, club con el que debió enfrentarse en la última fecha, además de un partido de desempate por el primer puesto en el Torneo Clausura. Se debió recurrir a los penales, y el equipo de la franja se impuso por 4-3, obteniendo el Clausura y el título de Campeón Uruguayo. El equipo tricolor debía de disputar de local en un lleno Gran Parque Central frente al modesto Villa Española por la segunda fecha, pero el árbitro Líber Prudente suspendió el partido porque Nacional había ingresado al campo de juego un minuto tarde; lo que provocó que hinchas del bolso se amontonaran para reclamar y esperar a los árbitros en los accesos hacia la tribuna José María Delgado.
Para el Torneo Clausura, casi la mitad de sus principales jugadores se fueron del club, y pese a no poder mostrar el mismo juego que en el Apertura, Danubio volvió a pelear el campeonato, estando en varias fechas como puntero y en la penúltima fecha asegurando la Tabla Anual. En el Torneo Apertura, Peñarol llegó con 33 puntos a la última fecha, dos puntos de ventaja sobre Danubio, quien venía de conseguir un solo punto en las dos fechas anteriores, por lo cual el empate le bastaba al manya para ganar el título. En el Torneo Clausura, se vería a un Peñarol más contundente, luego de contratar al último técnico que supiera ganar un Campeonato Uruguayo al equipo aurinegro (en 2003) Diego Aguirre. En las finales, se debió disputar un total de 5 partidos para decidir al campeón uruguayo (vale aclarar que los tres primeros partidos eran de semifinales, entre los campeones de los Torneos Apertura y Clausura, y en caso de ganar el equipo que no obtuvo la Tabla Anual, debía jugar la final a dos partidos más, de ida y vuelta).
Finalmente el violeta ganó el título en la última fecha, al vencer a Juventud de visitante por 2-1. Junto a este torneo, y a la buena participación de Defensor Sporting en el Torneo Apertura, en la que quedó tercero con 30 puntos, le valió para volver a ganar la Tabla Anual por segunda temporada consecutiva, accediendo a la definición por el título con ventaja deportiva. Defensor Sporting se quedó con el Torneo Apertura cosechando 35 puntos, 4 puntos más que su clásico rival y campeón defensor del título, Danubio. Nacional, tras obtener el beneficio de acceder a la definición del torneo, mostró desinterés por el Torneo Clausura para enfocarse en la Copa Libertadores 2009, torneo en el que alcanzó la semifinal. El aurinegro se quedó con el campeonato 2009-10. A pesar de que el bolso ganara el Torneo Apertura, camiseta kroos alemania el aurinegro gana el Torneo Clausura y vence a su tradicional rival en las finales. Por lo que se debieron jugar las finales, dos partidos más, en los cuales Peñarol ganó el primero por la mínima diferencia con gol de Antonio Pacheco y el segundo quedó en empate a uno, adelantándose el bolso con gol de Alejandro Lembo, y empatando para el carbonero Matías Aguirregaray, resultado que coronó a Peñarol.
El partido se disputó el 15 de febrero de 2009, y continuaban las dificultades para Nacional una vez que Danubio se puso en ventaja (con gol de Sergio Rodríguez) y el bolso quedó con un jugador menos en cancha. Esta forma de reorganización, que como las otras modificaciones vistas en el pasado, no implica un cambio profundo en los estatutos, conflictos, derechos laborales de los jugadores, derechos de transmisión de los clubes y mucho menos en el sistema de competencia; pero se entienden y se contemplan dentro de un plan para el crecimiento deportivo de la misma. En 2005 el reglamento cambia y solo permite a los clubes tener tres extracomunitarios en la plantilla. El tricolor recibió una sanción de quita de tres puntos para la siguiente temporada, y debió esperar hasta febrero de 2009 para que se disputara la última fecha postergada, en la que superó con holgura a Central Español. Martínez Patón, Víctor (2011, 1 de febrero): “Sociedades y equipos: criterios para un análisis histórico”. En los siguientes torneos también destacaron otros equipos. Jugadores destacados de esa campaña fueron Sergio Ahumada, Hugo Berly, Eddio Inostroza, Leonardo Veliz, Leopoldo Vallejos y Jorge Américo Spedaletti, entre otros. El club tuvo un muy buen plantel, con jugadores como Richard Porta, Jonathan Urretaviscaya, Jorge Rodríguez, Bruno Montelongo, Robert Flores o Henry Giménez.