Para el año 1932 se estuvo a punto de incluir el rojo, ya que el club iba a fusionarse con su similar de Misiones (actual Miramar Misiones), pero finalmente no prosperó la idea de la fusión y se desistió de agregar el color. El título del torneo finalización de 2015, le dio a Atlético Nacional el pase a la Copa Libertadores 2016. El club ocupó el grupo 4 con C. A. Peñarol, Sporting Cristal y C. A. Huracán. La segunda fecha, en el estadio Atanasio Girardot, contra Sporting Cristal, terminó en goleada a favor 3-0 con goles de Davinson Sánchez, Jonathan Copete y Marlos Moreno, la tercera fecha fue contra C. A. Peñarol, de nuevo de local, el partido terminó a favor 2-0 con goles de Daniel Bocanegra y Marlos Moreno, cerrando así la primera vuelta de la fase de grupos. En el inicio de la temporada 2016 Atlético Nacional se coronó por segunda vez campeón de la Superliga de Colombia, su rival fue el Deportivo Cali, ganador del torneo apertura 2015. El partido de ida se jugó el 23 de enero de 2016 en el Estadio «Palmaseca», Nacional como visitante derrotó al local 2-0 con un doblete de Jonathan Copete.
El 13 de julio se jugó el partido de vuelta en Medellín, a los 8 minutos, el argentino Jonathan Calleri anotó un gol para São Paulo, dejando la serie 2-1, pero a los 15 minutos Miguel Borja marcó su tercer gol en el club y el empate parcial para Nacional; en el segundo tiempo, en el minuto 76, hubo una mano dentro del área del defensor Carlinhos, provocando penal a favor de Nacional, la falta fue cobrada por el mismo Borja, marcando su cuarto gol en la Copa Libertadores en tan sólo 2 partidos y convirtiéndose en el goleador del club en la competición. En la final cayó 1-2 en la ida, jugada en el estadio de Techo, en Bogotá, ya en Medellín, se repitió el mismo resultado pero a favor del verde, con goles de Dorlan Pabón y Carlos Renteria, el título se definiría en los penaltis, dónde el arquero argentino Gastón Pezzuti se convirtió en figura al tapar 3 de los 5 penaltis cobrados y de esta forma darle el decimoprimer título a los verdolagas. Pues días después se dio la salida de 18 jugadores, pertenecientes al club, que estaban con el equipo a préstamo en otros clubes, y se contrató al extécnico del verde Santiago Escobar, también se contrató a Yovanny Arrechea, Danny Aguilar, Edgar Zapata, Jhon Valencia y a Macnelly Torres, se dio el regreso de Carlos Rentería y se organizó una formación de 25 jugadores más 25 juveniles que era lo que exigía la Dimayor.
El escudo actual está formado en primer término por un círculo con dos bes entrelazadas y coronado, el círculo se encuentra inscrito en un triángulo con trece barras de color verde y blanco, diseñado en 1932, que se sitúa al fondo. En un difícil partido, el Verde abrió el marcador a los 2 minutos con un centro de Edwin Cardona para que Alexis Henríquez empujara el balón para lograr el 1-0 a favor de Nacional y empatar la serie, luego, a los 17 minutos, Édison Toloza empató el partido para dejar a Junior nuevamente arriba en el global. El partido de ida, en Bogotá, terminó 2-2, dejando la llave abierta para que se definiera en Medellín, camiseta liverpool retro Juan David Valencia anotó el 1-0 de tiro libre que le dio el título a Nacional por segunda vez dejando el global 3-2 a favor del cuadro paisa. El 17 de noviembre de 2010 fue llamado por primera vez a la selección de Inglaterra para disputar un encuentro amistoso ante Francia. Se destacan especialmente el Campeonato de Primera División B 1983 y el de 1986. En el primero de los nombrados perdió la final del Octogonal por el segundo ascenso ante Chacarita Juniors en dos partidos (0-2 y 3-3), liverpool camiseta 2024 el segundo con serios incidentes en las tribunas; ese torneo lo obtuvo Atlanta.
Luego, en los cuadrangulares, en el grupo A logró 16 puntos ganando 5 partidos y empatando uno, dejándolo primero del grupo y clasificándose a la gran final contra el Deportivo Cali. En el torneo apertura el club logró el puesto 2 al final de la fase de todos contra todos, a pesar de haber jugado en la mayoría de partidos con nóminas alternas, ya que el primer equipo disputaba la Copa Libertadores. En el año 2013, Atlético Nacional se convirtió en el primer Bicampeón de la Copa Colombia, después de haber ganado la final frente a Millonarios. El inicio del 2015 no fue el más esperado, Atlético Nacional volvió a perder la final de la Superliga, esta vez contra Independiente Santa Fe. El torneo apertura continuó disputándose a la vez que la Copa América Centenario y en la fase de eliminación directa, Nacional tuvo que jugar sin 6 de sus jugadores titulares que estaban convocados en la Selección Colombia y selección de Venezuela, en el caso de Alejandro Guerra.